当社の創祀された時は明らかではありませんが、当社に伝わる略記によると、
貞観年間（清和天皇・八五九〜八七六年）には既に鎮座していたようです。

　武蔵野の村落である福徳村の稲荷神社として祀られ、その地名をとって社号としました。

　その鎮座する社地は広く、社殿も宏壮で、社の四隣は森林、あるいは田畑に囲まれ、
農家が散在する片田舎でした。
土地の人は神社の森を稲荷の森、その森の一端に建てられていた里程標（石造一里塚）を
「稲荷の一里塚」と呼び親しんでいました。
 

そもそも当社は、元来武将の信仰があつく、源義家（１０３９〜１１０６）が
深く崇敬されていたことが記されていた、と伝わっています。
江戸幕府以前には太田道灌公を合祀し、その兜・矢・鏃などが奉納されたと伝わっています。

　天正十八年（１５９０）八月一日に入府した徳川家康公は、
同じ八月に初めて参詣され、その後参詣は数度に及びました。

 芽吹神社御由緒

　さらに、二代将軍秀忠公は慶長十九年（一六一四）正月八日に参詣し、
「福徳とはまことにめでたい神号である」と賞賛されました。
この時、当社古例の椚の皮付きの鳥居に、春の若芽の萌え出でたのをご覧になり、
当社の別名を「芽吹神社」とされました。
元和五年（１６１９）二月に御城内の弁天宮を当神社に合祀するにあたり、
将軍自ら神霊を納められ、大和錦の幌を奉納され、さらに「社地縄張を三百三十坪」と定められました。